Sekundarno omatanje i izlazak beta-herpesvirusa iz stanice

Beta-herpesvirus secondary envelopment and egress

Beta-herpesvirusi opsežno reorganiziraju membranski sustav stanice domaćina i iskorištavaju ga za završne faze u proizvodnji virusa: stjecanje virusne ovojnice i izlazak virusa iz stanice. Mjesto i mehanizmi tih procesa su nejasni zbog nedovoljno razjašnjene složenosti membranskog sustava, nedovoljno razvijenih metoda za kvantifikaciju otpuštenih viriona, te nemogućnosti praćenja pojedinačnog virusa i/ili organele unutar stanice. U ovom projektu koristiti ćemo rekombinante mišjeg citomegalovirusa (MCMV), člana beta-herpesvirus obitelji, za poboljšanje metoda kvantifikacije izvanstaničnih viriona, razlikovanje virusne replikacije od proizvodnje virusa te unutarstanično praćenja virusa. Rekombinantni MCMV s fluorescentno-obilježenim malim kapsidnim proteinom, jedini raspoloživi virusi s označenom kapsidom u obitelji beta-herpesvirusa, omogućit će analizu kolokalizacije i dinamičko praćenje virusa tijekom procesa stjecanja ovojnice. S obzirom na to da je izlazak CMV iz stanice rijedak događaj, koristit ćemo digitalnu holotomografsku mikroskopiju (DHTM) kako bismo pratili izlazak MCMV-a iz stanice i razvili test za proučavanje procesa izlaska. Korištenjem sustavnih pristupa, kao što su analiza lokalnog interaktoma pomoću računalnih metoda i BioID testa (proximity-dependent biotin-identification assay), analiza transcriptoma i linearnih motiva u virusnim proteinima, usredotočit ćemo se na značajne stanične čimbenike koji kontroliraju procese virusnog omatanja i izlaska. Značajne čimbenike testirat ćemo pomoću novorazvijenih metoda za siRNA skrining u dva koraka te identificirati one koji su neophodni za završne faze sazrijevanja virusa. Kako bi stekli mehanicistički uvid, pomoću poboljšane metodologije i knock-down metodama (siRNA) u zaraženim stanicama, dubinski ćemo analizirati male GTPaze iz obitelji Rab i/ili Arf koje kontroliraju svaki od tih procesa.

beta-herpesvirus, citomegalovirus, odjeljak za sklapanje viriona, sekundarno omatanje viriona, izlazak virusa

beta-herpesvirus, cytomegalovirsu, assembly compartment, secondary envelopment, virion egress